偉大的德國農民戰爭以失敗告終，有10萬至15萬的農民被殺。各地農民重新陷入領主的奴役之中，權利被踐踏，公有地變成領主的土地，農奴製死灰複燃。
農民戰爭沉重地打擊了天主教會勢力。在新教各邦，教產落入諸侯或城市貴族手裏。農民戰爭也打擊了貴族，特別是騎士，使之日趨衰落，從而更深地投入諸侯的懷抱。
市民背叛了農民，也沒有好下場。城市貴族的統治到處恢複。城市的特權被剝奪，不得不向諸侯支付巨額賠款。市民反對派受到挫折，長期不能重振。再加上農奴製的恢複和其他不利因素的影響，德國的工商業日漸衰落，資本主義的發展受到嚴重阻礙。
諸侯是唯一從農民戰爭和宗教改革的失敗中得到好處的集團。他們奪取了天主教會的財產，加強對市民和農民的控製壓榨。他們的競爭對手貴族，大大削弱，不得不聽憑諸侯的擺布。從路德宗教改革開始的德國資產階級革命以失敗告終，德國的分裂割據依然如故。
德國農民戰爭說明農民中蘊藏著大無畏的英雄氣概和革命精神，他們是革命的主力軍。他們高舉革命的大旗，前赴後繼，英勇奮戰，沉重地打擊了封建製度。農民戰爭的傑出領袖閔采爾，堅持革命始終如一，視死如歸，壯烈犧牲，表現了崇高的品質，至今受到敬仰。然而，由於階級的局限，單靠農民自己不可能取得革命的勝利：他們無法克服自己的極端地方狹隘性，不能識破敵人的陰謀詭計。正如恩格斯所說：“農民隻有與其他等級聯盟才能有勝利的機會。”[1]也就是說，農民隻有在一個先進階級的領導下並與之結成聯盟才能完成革命的曆史任務。平民不是一個獨立的階級，更不是現代的無產階級。他們不但不能領導農民，而且其行動往往以農民為轉移。隻有在閔采爾直接領導的圖林根一帶，平民中萌芽的無產階級成分暫居上風，形成了農民戰爭的頂點，但隻是曇花一現，很快就失敗了。騎士無意放棄或減輕對農民的剝削，根本不可能與農民結成聯盟。資產階級參加和一度領導了革命，但很不成熟，軟弱動搖，革命稍一深入就叛變革命，投降敵人。路德後來的一係列表現，就是證明。當時德國的曆史發展要求資產階級擔當領導革命的使命，但資產階級竟然叛變革命，把自己出賣給諸侯。所以，恩格斯認為德國農民戰爭之所以失敗，“主要是由於最有利害關係的集團即城市市民的不堅決”。血的曆史經驗說明，農民隻有在無產階級領導下並結成鞏固的工農聯盟，才能取得革命的勝利和農民階級的徹底解放。