偉大的德國農民戰爭，對宗教改革運動產生了深遠的影響。
農民戰爭失敗以後，路德墮落了。他公然與諸侯和教皇站在一起，反對曾經與他並肩戰鬥過的人民大眾。他開創的資產階級宗教改革運動，蛻變成諸侯官方的宗教改革，其標誌就是1530年的《奧格斯堡告白》。他拋棄了他曾經提倡過的進步主張，如政教分離和建立民主教會，把宗教大權奉獻給諸侯。以再洗禮派為代表的廣大勞動群眾則繼續堅持鬥爭，在明斯特掌握政權一年多。
在這段時期，德國的矛盾十分複雜：有德國與教皇的矛盾，有新舊教兩派諸侯之間和諸侯與皇帝之間的矛盾，而且還不時有土耳其人的西侵和德法之間的多次衝突。蛻變後的路德宗教改革，有兩次大發展（1526年以後和1531年以後），但都由於內部矛盾重重被對手利用而遭到挫折。