高校經營性資產監督管理的主要目標是規避高校經營風險，促進高校科技成果轉化，確保國有資產的保值增值。然而，在資產的發展和運營過程中，高校經營性資產監督管理還存在諸多問題，主要表現在以下幾個方麵。
（一）劃轉不徹底
高校要依法組建國有獨資性質的資產經營有限公司或從現有校辦企業中選擇一個產權清晰、管理規範的獨資企業，將學校所有經營性資產劃轉到高校資產公司，由其代表學校持有對企業投資所形成的股權，高校以投入到高校資產公司的財產承擔有限責任。設立資產公司的目的是有效分離學校資產和企業資產的界限，規避高校的經濟、法律及財務風險等。然而時隔幾十年，各高校對於政策的落實程度參差不齊，相當一部分高校對於經營性資產的劃轉不徹底，有的甚至沒有組建資產公司，致使高校經營性資產存在“多頭管理”的現象。這種劃轉不徹底存在兩種情況：一種情況是沒有將所有的經營性資產進行劃轉，部分經營性資產在學校事業性資產中經營；另一種情況是對已經劃轉的資產，沒有進行清查核資，企業中存在事業性資產。
（二）產權不明晰
劃轉不徹底，導致資產產權不明晰。具體表現在一些高校在非經營性資產變更為經營性資產的過程中，尤其是在利用學校校名、專利權等科技成果轉化形成的無形資產對外投資時未進行嚴格的資產評估、不按有關規定辦理資產的審批手續、產權登記工作在未進行清查的基礎上開展、資產的性質與產權關係模糊，等等。另外，資產公司無償占有學校資源，對學校投入的人員、房屋、水電物業及設備等資源無償占用的現象更是普遍存在。這種產權不明晰，最終導致高校國有資產的隱性流失。
（三）內部監督管理不到位