然而，王安石變法推行之初，朝中的保守力量如司馬光、文彥博等就以“妄改祖宗之法”為理由，極力反對新法。王安石對此的應對充滿了自信，留下了著名的“天變不足畏，祖宗不足法，人言不足恤”[11]的“三不足”之說。20歲就即位的天子宋神宗也以少年人的勇氣和君主的強製力，一力相助變法的推行。司馬光、文彥博等人相繼被罷官，新法才得以施行；但是變法派同保守派之間的激烈鬥爭始終未停止，新法所蘊含的各種問題和衝突也導致鬥爭的進一步發展。
新法的主要內容如前所述，涉及事項涵蓋土地、水利、耕種、賦稅、兵防、市易等多方麵內容，這些都是關係到國計民生的大事。不同於慶曆新政直接以改革政治弊端為主要內容，王安石變法的切入點和改革重點集中於經濟和軍事領域，是以“富國強兵”為主要目標的。王安石有多年地方執政經驗，深諳北宋地方弊端，變法的多項內容也曾進行過小範圍的試驗性推廣，故而推行之初，進展還較為順利。但伴隨著變法的全麵實施，各種矛盾和問題也紛紛暴露。以青苗法為例，青苗法的實質是一種小額的農業貸款。宋朝糧食產量較低，自耕農儲糧受自然條件限製，往往儲量較少，經曆一冬之後，至第二年春播時分，多有農民陷入無糧可種的局麵。故而，青苗法規定由地方政府出資，在春播時節給農民提供低息的小額貸款，助其渡過難關，秋收之後再將所貸本息收回。這一方麵保證了農民的基本生活；另一方麵保障了自耕農的利益，抑製了地方豪強對農業的操縱，也就保障了自耕農對土地的控製，抑製了土地兼並。自耕農的權益得到了保障，也意味著國家能夠有穩定的稅收來源，增值的貸款可以彌補地方政府的財政虧空，不管從哪方麵看，都是利國利民的良法。但事與願違，在各級官吏與地方豪強勢力的聯手下，這一良法很快就成了一種惡法。青苗錢的利息非常低廉，但是地方官吏為了獲得高額收益，往往設置各種門坎，增加借貸難度，有些地方還私自提高貸款利率，榨取農民收益。官吏與地方政府成為青苗錢的最大受益者，農民卻承擔了所有的經濟負擔。農民畏懼青苗錢不願貸款，政府為了私利也往往強製推行。中國古代農業經濟受自然條件限製，秋後收成往往難以估算，但即使遇到天災，如狼似虎的官吏也是不問收益，一定要收回本息。長此以往，青苗錢成為壓在農民頭上的另一重負擔，苦不堪言。青苗錢也成為保守派批判新法的主要例證，一力反對新法的士大夫領袖範鎮，在給宋神宗的奏劄中就尖銳指出：“養民而盡其財，譬猶養魚而欲竭其水也。今之官但能多散青苗、急其期會者，則有自知縣擢為轉運判官、提點刑獄，急進僥倖之人，豈複顧陛下百姓乎？陛下有納諫之資，大臣進拒諫之計；陛下有愛民之性，大臣用殘民之術”[12]，尖銳指出青苗錢的實質是在與民爭利、為國斂財，完全背離了抑製高利貸、維係民生的本意，成為地方官員的進身之階。