科舉製打通了平民知識分子的上升路徑，營造了相對公平的官員晉升機製，無論從主政者的角度還是從士人角度，相比於前朝都是一項利大於弊的事情。但是，隋唐時期科舉初創，無論從考試方式、考查內容還是錄取人數看，都依然存在諸多弊端。
科舉在隋唐的第一個弊端就是考生信息公開，容易作弊。唐朝科舉沒有糊名之法，科考官員可以輕易掌握考生的信息，錄取“關係戶”也成了輕而易舉之事，高門顯貴向主考官軟硬兼施、徇私舞弊經常見諸於史。中唐時，段文昌曾為宰相，詩人楊憑的兒子楊渾之多次向他行賄，求他向主考官錢徽推舉自己。但楊渾之才智平庸，錢徽秉公審卷，沒有錄取他。段文昌反咬一口，說錢徽科考舞弊，錢徽因而被貶。科考之混亂，可見一斑。馬端臨評價唐朝科舉，認為公開考生姓名等信息可以讓考官全麵掌握考生情況，“采取譽望”，但他也認為，往往“權幸之囑，亦可畏也”。[20]
此外，唐朝科舉考查的內容也頗有不妥當之處。如前所述，至唐貞觀年間，科舉確定以明經、進士兩科為常列，明經專注貼經，進士則考查詩詞文賦等內容，兩項難易有別，但都難說是為官所需的“實學”。唐朝文學大興，但考中進士的諸多才子中，真正在政壇能夠大顯身手的卻不多見。此外，進士科考查範圍廣闊而難於把握，如白居易一般的文學天才，從初次應試到終於及第都用了十餘年時間，更多普通資質的士子隻能死記硬背。唐朝類書大興，其編纂的初衷就是“但見主司命題欲求實學，率皆采取傳注，編摭故實，或搜求陳腐之類書，以備場屋之用”[21]。唐朝類書的編纂形式與輯錄內容也體現了其“以備場屋之用”的特點。以《初學記》為例，該書著於唐玄宗開元年間，其時科舉之製已定，進士主試詩賦，而《初學記》的編纂目的在其“序言”中也說得很分明：“以近世有摘六經諸子百家之言而記之，凡三十卷，開卷而上下千數百年之事皆在其目前。可用以駢四偶六，協律諧呂，為今人之文以載古人之道。”從編寫體例看，《初學記》全書23部，分成313個子目，先列“敘事”，次為“事對”，最後是詩文，其中“敘事”匯集與子目相關的各種資料、典故；“事對”則專列對偶式的典故，下注出處，可為作駢文所參考；“詩文”則擇取與子目相關的文學佳句，供作詩為文時的參考借鑒。《初學記》的作者在序中言明“願學者摭此以成文，因文以貫道，祈至於文王、孔子之用心處而後止。毋為獵取其新奇壯麗之語，雕章繢句，以治聾俗之耳目。”這番勸誡雖然言辭懇切，但效果似乎並不明顯。至北宋，歐陽修對此仍頗有微詞：“學者不根經術，不本道理，但能誦詩賦，節抄《六帖》、《初學記》之類者，便可剽盜偶儷，以應試格，而童年新學全不曉事之人，往往幸而中選。”[22]不但考試時所作詩文要依賴類書，唐人所作“行卷”之文許多也賴類書所提供的詩文典故。白居易作《白氏六帖》，被後人評論為“使學者不執業不占畢而有博聞之益”[23]之作，唐朝科舉的漏洞與局限，於此亦可見一斑。