正當朱錦埋頭恢複鄭軍實力之時，又一個噩耗向他襲來：朱錦所冊封的右提督、定虜伯劉進忠這個朝三暮四之輩，見到清軍勢大，便再一次的更換了門庭。
劉進忠的叛變導致惠州的劉國軒部與明鄭主力之間的陸上聯係中斷，更可怕的是廣州尚之信也宣布回歸清廷，如此一來，作為鄭軍中實力最完整的劉國軒部就完全陷入包圍。
不得已，朱錦遂下令劉國軒部立刻從海路撤出。對於明鄭方麵撤軍合流的行動，清廷甚為擔心，曾一度勒令尚、劉二部予以阻截圍殲。但尚之信麾下粵軍曾在鱟母山一役中吃過鄭軍大虧，自是不敢輕易妄動，而劉進忠雖然降清，然也不想在戰局未定前與明鄭方麵徹底撕破臉皮，於是兩方便坐觀鄭軍的撤退。
既然尚、劉二部都不敢稍越雷池，劉國軒自然布置安閑，因此至永曆三十年的六月，除一部二千餘人撤往瓊州增強楊賢的力量外，劉部主力挾持萬餘惠州百姓及一應物資、糧秣完整的撤往了思明，進而分流東寧。
對於劉進忠的陽奉陰違，清廷異常惱怒，雖授其征逆將軍頭銜，然等平南將軍賴塔大軍控製潮州之後迅即將其逮捕入獄，隨後押解北京問斬棄市。尚之信聞之大驚失色，便點起兵馬渡海征瓊州自贖。然而孫子雲“君不可怒而興師，將不可慍而致戰”，結果不聽兵聖所言的尚之信果然被老當益壯的楊賢用七千勝兩萬，打得狼狽而歸。
瓊海一役慘敗以及鄭軍主力劉國軒部的回歸，讓清廷認識到明鄭方麵的實力尚存並非可以輕而易舉對付的魚腩，再加上此時湖南戰事日益緊張，清廷主力陸續西調，因此為了盡快解決閩粵方麵的威脅，清軍內部對鄭軍該持“剿”的態度還是該持“撫”的態度出現了爭執。
“康親王、郎製軍，下官以為如今朝廷用兵湘省，閩中實力已然空虛，對付鄭逆還應鎮之以靜，或用招撫以殆惰其心誌，若是那鄭逆識相首肯自然是皆大歡喜，倘若是不肯也無傷大雅，等朝廷大兵返閩正好一鼓而蕩。”