金元明之際，道家分為兩大派別，即正一派和全真派。
金大定七年，重陽子王嚞收七位弟子創立全真派。三年後，王重陽病逝，其大弟子丹陽子馬鈺掌教，以山東為中心，廣招信徒，勢力漸趨壯大。到長春子丘處機掌教之時，全真派已是盛況空前，在秦、晉、冀、魯、豫、皖都擁有深厚根基。東向海，西向秦，南際淮，北至朔漠，山林城市，廬舍相望，什百為偶，甲乙授受，牢不可破。
待到成吉思汗統一蒙古，揮師南下，欲與南宋聯合圖金。河北、山東等地正處於三方交界，是三家必爭的咽喉要地。全真派因在這兩省擁有極大勢力，有兵家可借之勢，便成為三方爭相拉攏的對象，蒙、金、宋先後派遣使臣，征召全真教主丘處機。
對於丘處機，後人爭議太多，多詬病他背棄漢民族而投靠蒙古人。
但就當時形勢來講，他確實是全真派史上不世出的領袖人物。他審時度勢，認為金朝必定滅亡，南宋孱弱也不可免，唯有蒙古方興未艾，必定奪得天下。於是他卻金使，謝宋聘，唯赴成吉思汗之召。
丘處機帶弟子西行覲見成吉思汗，受到大汗極高禮遇，賜以虎符、璽書，命掌天下道教，並免除所有全真道士的差役賦稅。後來，蒙古軍隊飲馬長江，征服金宋，建立元朝，全真派成為他們收攬人心、安撫民 眾的得力助手。蒙古人馬上得天下，但也明白治理漢地必須使用漢法，當時蒙古汗廷並無漢族士人佐政，全真道士便成了他們的漢學師父。元朝一代，全真派由下層進入上層，全真宮觀、弟子遍布天下，聲焰隆盛，鼓動海嶽。
但凡事沒有恒久，到了太祖起兵反元，鑒於全真派與元朝關係，太祖接受劉基建議，轉而拉攏在江南頗有勢力的正一派。第四十二代正一天師張正常也是慧眼獨具，表示願遵太祖調遣。後太祖即位南京，建立大明，張正常入賀進京，太祖賜其“正一嗣教護國闡祖通誠崇道弘德大真人”，命其領道教事。