物流成本當然離不開運輸成本。與包裝、搬運等相比，運輸成本在物流成本中占很大的比例。
運輸成本是指企業對原材料在製品以及成品的所有運輸活動所造成的費用，包括直接運輸費用和管理費用。因為在運輸成本中，很多成本是隱藏的，不像生產過程中的廢品、次品等那樣明顯。因此，要降低運輸成本需要關注這些隱藏成本。
這些隱藏成本包括：
1.迂回運輸
迂回運輸就是舍近取遠進行運輸的一種不合理形式。因為計劃不周、地理不熟、組織不當等，在物流的過程中會發生這種迂回運輸的現象。這就是不合理運輸。這種運輸成本往往在計劃之外發生。
2.重疊運輸
許多企業在物流過程中，本來都已經製定了運輸的合理流向圖，一般必須按合理流向的方向運輸。但是，也會發生這樣的情況。同一種貨物，或彼此間可以互相代用的貨物，卻在同一線路上作相對方向的運送，結果，一方與另一方運輸的貨物發生重疊。這就是重疊運輸。
比如，本來企業的產品是從北京發往石家莊，但是因為邯鄲市場滯銷，這些產品也從邯鄲運往石家莊。但物流部門並不知曉，因此，就造成了產品的重疊運輸。
3.倒流運輸
是指貨物從銷地或中轉地向產地或起運地回流的一種運輸現象。比如，業務員發給銷售商的貨太多。這種情況下，往返兩地的運輸都是不必要的，形成了雙程的浪費。
有時，在企業內部，如果庫房的車輛流動緩慢，同時集裝器具跟不上；或者零件有紙包裝、集裝箱、標箱等，運輸不便，收貨時間較長，也會增加二次倒運的過程。
4.過遠運輸
過遠運輸是指就地、就近可以供應的物資，而舍近求遠或者繞道，超出了順流方向限定範圍的貨物運輸。