自身免疫是機體的免疫係統對其本身進行攻擊——可能是由於它不再認識它本身的“士兵”。了解了這個，我們需要熟悉關於免疫係統如何識別“自身”還是“異體”（非己）之間區別的有關問題。
免疫係統識別敵我的能力是一個很複雜的問題，正常人胚胎時期逐步發育分化的各種淋巴細胞具有潛在的免疫能力，能對外來的抗原起反應，也能對自身組織抗原起反應。直到出生前後，那些針對自身組織起反應的淋巴細胞才被破壞或遭到抑製。這些被抑製的細胞在正常情況下隻能有節製地產生有限的抗自身組織抗體，協助人體清除衰老或受到損傷的組織細胞，不斷除舊更新，維持人體的健康平衡狀態，這就是自身免疫反應。
也就是說，一個正常人的免疫係統，具有識別抗原物質是“自身”還是“異體”的能力。通常隻對異體的抗原物質起免疫反應，對自身的組織細胞則不產生免疫反應。但是在一定條件下自身組織細胞也可以獲得抗原性，成為自身抗原，引起自身免疫反應。當這種免疫反應強度太大，導致嚴重組織損傷或功能紊亂，表現在臨床症狀時，就稱為自身免疫病。
自身免疫性疾病的抗原是來自自己的組織細胞，變態反應性疾病的抗原則是外來物質。
具有防禦功能的白細胞怎樣知道對什麽進行攻擊和對什麽進行保護呢？回答就在於精確控製的計算機——胸腺。在你出生之前就已經給你的每一個細胞一個“身份卡”和一個打開自身“記憶庫”中的密碼。想像你的身體就如同一個國家，那裏的每一個細胞已被教會說本國的語言。你能夠立即確認從其他國家來的某些個人，因為他們說不同的語言。當你的免疫大軍認出了外來者，便立即采取就地進攻拘捕入侵者並消滅它。