在目標管理的過程中，有一個問題常常令管理者感到為難，那就是如何處理個人目標與團隊目標之間的矛盾衝突。這幾乎是每個管理者都會遇到且必須妥善解決的問題。盡管人們通常會受到共同價值觀的影響，會受到內部管理製度以及領導者、管理者魅力的影響，但是人們工作的個人動機是存在的，它們可能會暫時受到壓抑和影響，但不會消失，管理者應當尊重這些動機。
在個人的工作動機中，存在多種形式，比如有的人希望獲得更高的工資，希望在物質生活方麵得到改善；有的人渴望得到職位晉升的機會，希望坐到更高的位置上來證明自己存在的價值；有的人非常喜歡把握更大的權力，他們更喜歡成為掌控者，喜歡滿足自己的控製欲並以此來幫助自己實現理想；還有一些人更加注重把握自我價值實現的機會，他們並不在乎工資的多少，並不在乎自己能否獲得晉升，相比之下，他們對於工作有著更高層次的追求，他們看重的是個人價值的實現，看重的是整個團隊乃至整個社會對自己的認同，同時考驗和展示自己的真實能力。
這些情況都和個人的工作目標息息相關，而為了實現這些目標，他們必定會製訂自己的工作計劃和人生規劃，並且按照這些規劃行事。但是當人們處於企業、組織或者某個團隊中時，他們需要服從團隊的目標，這個時候衝突就容易產生，尤其是當個人的目標與團隊發展目標產生分歧時，這種衝突就會更加明顯。
很多團隊在遇到這種情況後往往會出現管理混亂、執行力低下的情況。一些團隊管理者可能會強勢打壓個人的發展目標，會壓製個人的欲望，強製要求員工放棄自己的目標，而這種強勢的姿態可能會影響員工工作的積極性，會導致員工工作狀態受到很大的影響。不過，如果管理者過分遷就和縱容員工，那麽員工就會完全按照自己的計劃行事，根本不會理會團隊目標，這樣就會使得團隊的執行工作偏離軌道和計劃。