從以上的討論中，我們不難看出漢傳密教研究和主流的密教研究（印度、南亞和藏傳密教研究）基本上是相互脫離的，雖然對印藏密教的定義、曆史建構和其象征意義的闡釋等，都或多或少地影響到了漢傳密教的研究，但在西方學術界二者儼然是涇渭分明的兩個不同的學科。這樣的格局和整個西方佛學界內漢傳佛教，或稱東亞佛教的研究與印藏佛教研究互相脫離的局麵是一致的。然而，密教研究的進步顯然必須依靠對印度、南亞、藏傳和漢傳密教研究的整合，隻有將這些不同的密教傳統作為一個整體來研究，我們才能對密教的起源、曆史發展脈絡、變化過程等有一個更清晰的認識，才能最終脫離俗套的有機發展史觀，重構一部更貼近曆史真實的世界佛教史。
尤其需要指出的是，隻有把漢傳密教的研究當成整個密教研究的一個有機組成部分，我們才能拓寬漢傳密教研究的視野，弄清漢傳密教的曆史脈絡，擴充漢傳密教的內涵，推動漢傳密教研究的進步。若完全脫離印藏密教傳統，漢傳密教勢必成為一個受時代限製的、孤立的宗教現象，以至於其存在與否依然還要受到學者們嚴肅的質疑。顯然，要打破以往對漢傳密教的這種理解模式，一個重要的途徑就是要積極開展漢藏佛學的比較研究。近年來，藏傳佛教的研究，特別是藏傳密教研究取得了巨大的進步，這無疑可以有力地推動漢傳密教的研究。藏傳密教是現存所有密乘佛教傳統中最全麵、最正宗的傳承，也是最具代表性和最有影響力的一個傳統，而它與漢傳佛教有著千絲萬縷的聯係。以往人們更多地從印藏佛教的角度來理解藏傳佛教，忽視了藏傳佛教中所包含的漢傳佛教的因素。事實上，藏傳密教的來源和早期發展或也部分地涉及漢傳密教的成分。近年來，敦煌漢、藏文佛教文獻研究的進步表明，漢、藏密教曾有互相影響和交融的部分。譬如，藏傳佛教中的觀音菩薩崇拜傳統的形成或與漢傳佛教中的觀音崇拜傳統有相當大的關聯，敦煌古藏文佛教文獻中與觀音崇拜相關的文本有些顯然與漢傳佛教中的同類文獻有類似之處。不僅如此，藏傳密教的形成和發展最初與敦煌有密切的關係。藏傳佛教的密乘傳統主要是在後弘期形成的，而其最初發源和發展的主要地區並不是吐蕃本土，而是以敦煌為主的中國西北地區。最初的藏傳密教文獻皆出於敦煌地區，從吐蕃帝國於9世紀中的崩潰到西夏興盛的12世紀，藏傳密教於西域地區（今日中國的大西北地區）廣泛傳播、蓬勃發展，可以說藏傳密教傳統部分就形成和發展於西域地區，而其中受漢傳佛教的影響和它對漢傳佛教造成的影響均毋庸置疑。