作為進行學術交流的學術共同體組織機構，學會同樣是學科研究製度化不可或缺的。2005年以來，在我國特殊教育有關領域積極開展學術交流、對特殊教育學學科發展起積極推動作用的學術組織機構主要有中國高等教育學會特殊教育研究分會、中國教育學會特殊教育分會，以及中國殘疾人康複協會、中國心理衛生協會殘疾人心理衛生分會、中國教育技術協會教育康複專業委員會等其他與特殊教育有關的學術組織機構。
（一）中國高等教育學會特殊教育研究分會
中國高等教育學會特殊教育研究分會是中國高等特殊教育領域專門的群眾性學術團體，成員包括殘疾人高等教育工作者和為殘疾人事業培養專業人員的各類高等教育工作者。該研究分會於2001年開始籌建，於2001年在北京聯合大學特殊教育學院、2002年在華東師範大學學前教育與特殊教育學院、2003年在長春大學特殊教育學院、2003年在南京特殊教育職業技術學院、2004年在天津理工大學聾人工學院召開籌建會議，討論推進中國高等教育學會特殊教育研究分會的籌備建設情況，並舉辦不同主題的學術研討會，如殘疾人高等職業教育（2003年，長春），特殊教育高等師範（2003年，南京），殘疾人高等特殊教育和高等特殊教育專業的教師培養問題（2004年，天津）。
2005年以後，中國高等教育學會特殊教育研究分會的發展曆程主要如下。2005年7月29日，經中華人民共和國民政部（民社登〔2005〕第392號）批準，正式成立中國高等教育學會特殊教育研究分會。2005年10月，在河南鄭州中州大學（現鄭州工程技術學院）召開中國高等教育學會特殊教育研究分會成立大會暨2005年學術年會，選舉產生了中國高等教育學會特殊教育研究分會第一屆理事會和常務理事，正、副理事長，正、副秘書長。理事長由樸永馨擔任；秘書長由曲學利擔任，後由滕祥東接任。