進入21世紀後，教學認識論研究呈現多元化發展態勢。尤其是伴隨著2001年《基礎教育課程改革綱要(試行)》的頒布實施，教學認識論研究進入了新的發展階段。教學認識論研究麵對豐富而多變的教學實踐，麵對不斷發展的教學理論，呈現出研究視角的多樣與創新。
這一時期，學者從多學科視角研究教學認識論。學者在哲學視角下探討教學認識論主要有兩種觀點：一種是堅持以馬克思主義認識論為指導來探討教學過程中的認識論問題，另一種是不能將馬克思主義認識論作為唯一視角解釋教學認識論，由此形成了馬克思主義哲學和後現代主義哲學兩種取向的教學認識論。這兩種觀點之分歧集中於認識主體、認識對象、認識方法等方麵。從我國基礎教育課程改革實施10多年來的成效來看，教學實踐一直在不斷檢驗、豐富並具體化教學認識理論，兩種理論取向呈現的悖論張力將殊途同歸地走向實踐本土化的教學論。②近年來，過程哲學、分析哲學、後現代主義等哲學思想的引進為教學認識論的發展提供了更為廣闊的空間。③
教學認識論的反思爭鳴也進入了一個新階段，呈現出爭論範疇擴展、批判程度更加深入的特點，教學認識論研究由此進入理論重構期。有學者分析了傳統教學論表現出教學價值觀陳舊、理論框架封閉保守、學科體係僵化過時、研究方法單一等問題後指出，教學過程在本質上被視為“特殊認識過程”,而使教學過程40多年來重複著哲學認識過程的概念原理。這一哲學認識論指導下演繹出來的幾條眾人皆知的規律和原則也日益顯示出對實踐指導的乏力。①有學者指出並論證了現存教學本質“特殊認識說”及其衍生理論“教學認識論”所存在的重大理論缺陷，認為根本出路在於現存理論的合理定位和向本體論的回歸。②作為教學認識論的創建者與捍衛者，王策三在《認真對待“輕視知識”的教育思潮——再評由“應試教育”向素質教育轉軌提法的討論》一文中提出，要加強教學認識論研究，正是對這一領域沒有注意和缺乏了解，才導致由“應試教育”向素質教育轉軌提法的倡導者輕視知識的問題。③對此，有學者提出反對意見。作為新課程理論的倡導者，鍾啟泉等從新課程所倡導的教育價值觀、知識教育觀，以及新課程在繼承與借鑒、追求理想與麵對現實四個維度，闡釋新課程的基本理念，同時對以凱洛夫教育學為代表的教育思想提出了批判。④此後，對教學認識論的爭鳴持續不斷，有學者認為教學過程在本質上是教師教學生認識的過程，並高度重視知識傳授的價值，提出發展和完善教學認識論。也有學者對其存在的問題、理論失誤的根源以及局限性方麵提出意見。可以說，教學認識論正是在反思與爭鳴之中不斷發展完善的。