這一時期，鄧小平理論被確立為全黨的指導思想，社會主義市場經濟體製初步確立，社會主義精神文明建設被提上重要日程。《中國教育改革和發展綱要》製定了本階段教育事業發展的目標、戰略和指導方針，自此素質教育實踐全麵展開。這一時期，德育原理學科研究緊密圍繞如何適應社會主義市場經濟體製，如何增強德育的針對性、科學性、係統性，如何整體規劃學校德育工作、創建學校德育新格局等重大問題展開。在全麵反思的基礎上，德育原理學科建設進入了創新發展的新階段。
一、加強愛國主義教育與社會主義精神文明教育
20世紀80年代末，黨中央指出，學校要認識到愛國主義教育的重要性，強調愛國主義、集體主義與社會主義的有機統一，積極開展愛國主義教育活動。1990年5月3日，江澤民在首都青年紀念五四運動報告會上的講話《愛國主義和我國知識分子的使命》要求廣大知識分子要把愛國主義同社會責任結合起來，努力在社會主義精神文明建設中發揮更大的作用。1992年，黨的十四大報告指出，要把社會主義精神文明建設作為20世紀90年代改革和建設的主要任務之一。1993年9月，中宣部、國家教委、廣電部、文化部聯合發出了《關於運用優秀影視片在全國中小學開展愛國主義教育的通知》,要求全國中小學運用優秀影視片開展愛國主義教育。1994年8月，《愛國主義教育實施綱要》發布，這是我國新時期愛國主義教育的綱領性文件，它對愛國主義教育的原則、內容、重點、途徑、方法等都做了詳細的敘述。
在加強愛國主義教育的同時，1996年，黨的十四屆六中全會審議通過了《中共中央關於加強社會主義精神文明建設若幹重要問題的決議》,指出加強社會主義精神文明建設是一項重大戰略任務。我們進行的精神文明建設，是以經濟建設為中心、堅持四項基本原則和堅持改革開放的精神文明建設，是既繼承優良傳統又充分體現時代精神、既立足本國又麵向世界的精神文明建設。精神文明建設總的指導思想和要求就是培育有理想、有道德、有文化、有紀律的社會主義公民，提高全民族的思想道德素質和科學文化素質，團結和動員各族人民把我國建設成為富強、民主、文明的社會主義現代化國家。要努力提高全民族的思想道德素質，就要深入持久地開展精神文明建設活動，在精神文明建設活動中加強黨的領導作用。