高等教育是一個完整而複雜的係統，由各級各類高等教育組成。高等教育學同教育學一樣，有單數和複數形式，即既有作為一門學科的高等教育學，又有作為學科群的高等教育學。高等教育學學科建立後，其分支學科的建設情況也需要我們進行探究。
潘懋元在20世紀90年代末提出，中國高等教育學所包含的分支學科大體上可以分為三類。
第一類是從高等教育學這門基本學科分化出來的分支學科，如大學教學論、大學課程論、大學德育論、高等教育史、比較高等教育、各學科的學科教學論等。
第二類是高等教育學與其他學科結合產生的交叉學科，如高等教育經濟學、高等教育管理學、高等教育結構學、高等教育心理學等。
第三類是運用高等教育學理論，以研究不同類型、不同層次的高等教育所構成的學科，如高等工程教育、高等師範教育、高等醫學教育、高等農林教育、高等專科教育、高等職業教育、學位與研究生教育、留學生教育、成人高等教育等。
潘懋元特別指出：
以上分類隻是相對的劃分。如高等教育史、學科教學論，既可歸於第一類，也可歸於第二類。同時，這隻是按照各分支學科的總體性質劃分的，至於各分支學科的內容，則更加紛繁錯雜，相互滲透。某些學科的一些內容屬於這一類，另外一些內容則可能屬於另
一類。一般來說，第一類、第二類，就其總體說屬於理論科學，但包含許多應用性乃至技術性的內容；第三類，就其總體說，是應用高等教育學的理論來認識不同對象的教育現象，解決不同對象的教育問題，基本上屬於應用性學科，但應用性學科也有其應用性理論，並且以其理論研究的成果，不斷豐富與加深高等教育學的基本理論。①