清代以降，考據學盛行，宋儒配合道統譜係的四書自然成為人們考辨的對象。據記載，戴震十歲入塾讀《大學》章句，便向塾師質疑說：周朝、宋朝相去二千年，《大學》為孔子之言，而曾子述之，曾子之意，而門人記之，朱子何以知其然？[102]在清代考據學者看來，宋儒將《大學》歸於曾子，本身根據不足，是個需要證明的問題。陳確更是對二程、朱熹《大學》為“孔、曾之書”的說法提出質疑，認為《大學》“必非聖經”。“陳確氏曰：《大學》首章，非聖經也。其傳十章，非賢傳也……《大學》，其言似聖而其旨實竄於禪，其詞遊而無根，其趨罔而終困，支離虛誕，此遊、夏之徒所不道，決非秦以前儒者所作可知。苟終信為孔、曾之書，則誣往聖，誤來學，其害有莫可終窮者，若之何無辨！”[103]在他看來，若《大學》是孔、曾之作，則全篇皆應是孔、曾之言，不當再有“子曰”“曾子曰”的引言。“由是觀之，雖作《大學》者，絕未有一言竊附孔、曾。而自漢有戴《記》，至於宋千有餘年間，亦絕未有一人焉謂是孔、曾之書焉者，謂是千有餘年中無一學人焉，吾不信也。而自程、朱二子表章《大學》以來，至於今五百餘年中，又絕未有一人謂非孔、曾之書焉者，謂是五百餘年無一非學人焉，吾益不信也。”[104]對於《中庸》，他亦表示了懷疑：“即《中庸》一書，世儒皆言是子思所作，吾亦未知其真偽何如？”[105]以後陳澧、陸奎勳等清代學者通過考證認為，《大學》成書較晚，不可能為曾子所作。而袁枚、葉酉、俞樾等人根據《中庸》“車同軌、書同文”等語，斷定《中庸》一書晚出，同樣非子思所作。既然理學家據以立論的經典並不可靠，那麽，他們所宣揚的道統自然也就遭到懷疑。