運用代幣製方法來改變某些不良行為，盡管操作方便，效果較好，但如果運用不當，也會造成一些諸如混亂、破壞代幣、把玩代幣或被實施者對代幣管理缺乏興趣的問題。
（一）注意代幣製管理規則的明確性
代幣製在實施過程中，即使正確設計了實施程序，但如果沒有與被實施者商量製訂的明確規則，也很容易產生一些混亂，降低代幣製運用的效果。因此，在實施前，就應製訂明確的規則，並向被實施者講明規則。在規則中就應規定，如果出現了破壞代幣、把代幣用來當玩具玩或用不正當手段獲得代幣等行為，應該做何處罰等條目。
（二）注意正確運用“反應代價”
“反應代價”是指在代幣製管理中讓被實施者失去代幣的程序。在運用代幣製方法進行行為管理的過程中，當被實施者出現期望中的目標行為時，被實施者獲得代幣；但當被實施者出現了一種非期望中的目標行為，與期望中的目標行為對抗時，就要加入“反應代價”。比如，某個被實施者表現出友好地關心同學的行為表現時，就給予代幣作為獎勵；但當他表現出打罵同學等行為時，就會被收回一定分值的代幣，此時，實施者就加入了“反應代價”程序。反應代價程序應在代幣製實施一段時間後才引入，因為隻有當代幣已經牢固地建立起條件反射後，在反應代價程序中失去代幣才會成為一種有效的懲罰。
使用反應代價程序時，首先應考慮是否能從被實施者那裏收回代幣。如果當實施者收回代幣，被實施者出現反抗或攻擊，就最好不要應用反應代價。在這種情況下，實施者在確定代幣時，可考慮盡量不用實物，而用象征性的分值等作為代幣，這樣，代幣因沒有被保管在被實施者手裏，就可預防在應用代價反應程序中的攻擊行為。