理性療法的治療過程一般分為四個階段。
（一）心理診斷（psychodiagnosis）階段
這是治療的最初階段。首先，治療者要與病人建立良好的工作關係，幫助病人建立自信心。其次，要摸清病人所關心的各種問題，將這些問題根據所屬性質和病人對它們產生的情緒反應分類，從最迫切希望解決的問題入手。例如，有位高三學生，在平時測驗中她總能考進班級前三名，可是在最近的一次月考中成績不理想，因此她感到非常傷心和失望。在這個階段就要從找出來訪者傷心和失望的根本原因入手，並以這個問題為中心，與來訪者共同製訂治療的工作目標。
（二）領悟（insight）階段
這一階段的主要任務是，幫助病人認識到自己不適當的情緒和行為表現或症狀是什麽，產生這些症狀的原因是自己造成的，尋找產生這些症狀的思想或哲學根源，即找出它們的非理性信念。如讓那位高三學生認識到自己傷心和失望的根本原因其實是她自己對這次考試所作的不合理評價和解釋，而不是這次考試沒考好這一事件本身。
（三）修通（working through）階段
在這一階段，治療者主要采用辯論（disputing）的方法動搖病人非理性信念，即通過以與不合理信念辯論的方法為主的治療技術，幫助來訪者認識到其信念的不合理之處，進而放棄這些不合理的信念，產生某種認知層次的改變。對不合理觀念，可采用質疑式和誇張式的方法與其辯論。
1.質疑式。治療者可直截了當地質詢來訪者，主要是詢問病人所持信念是否有客觀依據，是否合乎邏輯，是否現實等。如“你有什麽證據能證明自己的這一觀點？”“難道除了考大學之外，就沒有別的選擇了嗎？”“有些沒考上大學的人，不也一樣生活得很好嗎？”2.誇張式。即故意對來訪者的不合理信念提一些誇張的問題，使來訪者認識到其信念是不合理的。如“是不是你每次考試都考得這麽糟糕？”“要不要廣而告之，說你這次考試沒考好，以後就考不上大學了，以至於世界末日將要來臨，提醒大家小心呢？”