貝克認知療法主要著手於和錯誤的認知模式及不良信念進行辯論，並對其加以改正。具體治療步驟如下。
第一，使患者能夠了解自己所具有的特殊的認知，或是消極的自動化的想法。即治療者在治療過程中，首先要了解、分析病人的認知活動，了解其存在的錯誤想法。比如，因為害怕失敗而出現退縮、逃避行為的兒童，可能這樣訴說他害怕的原因：“如果我做錯了，媽媽就不喜歡我了。”或“如果我失敗了，我就不是一個好孩子。”當問到他為什麽退縮、逃避時，他可能說：“我不能做好任何事情”或“我覺得我肯定會失敗”等。根據以上他所暴露的思想問題，治療者應幫助兒童分析，究竟哪些是客觀的現實，哪些是自己認知方麵的錯誤。在這個例子中，分析“失敗以後別人的現實反應究竟是什麽”的關鍵，是係統地記錄兒童的失敗、別人對他失敗的真實反應和兒童自己的思想之間的差異。
第二，揭示正反兩麵的證據，客觀地檢查其錯誤的認知。幫助患者根據事實去分析他的想法與客觀現實的差異。
第三，在檢查錯誤想法的過程中，鼓勵患者矯正其認知上的歪曲與錯誤，逐步教會他一些新的、正確的認知，並用這些新認知去塑造新的行為。這種認知的重新塑造，主要是通過分析、交談，分階段進行的。
第四，由治療者針對患者的各種良好表現，給予適當的反饋與強化。