貝克認知療法可以用來治療許多疾病和心理障礙。其中最主要的是治療情緒抑鬱病人，尤其對於單相抑鬱症的成年病人來說，是一種有效的短期治療方法。但對於精神病性抑鬱病人，認知治療可能效果較差。
認知治療還可作為神經性厭食、性功能障礙和酒精中毒等病人的治療方法之一。例如，酒精中毒病人常存在一定程度的認知缺陷，尤其是剛開始戒酒的最初幾周裏，他們往往表現為記憶困難和解決問題困難。因此，在治療開始階段應重複進行幾次分別會談，要求病人做會談筆記，並且記錄每天家庭認知、行為作業完成的情況。通過言語交談、行為操作、想象技術以及聲像圖片教育等多種渠道給病人輸入信息，對於酒精中毒病人的治療也大有幫助。當然，這些技術的應用並不是對於所有病人來說都有效。有些病人往往在開始治療的時候便不合作，甚至中斷治療，對此，醫生可能會認為這些病人“沒有求治動機”或“不準備治療”；實際上，可能是治療方法不完全適合這些病人。因此，在對這些病人的治療中，治療師應該了解和識別病人存在的認知錯誤，並進行適當的詰難和矯正，使病人配合治療師進行戒酒。
在對神經性厭食病人的治療中，除了藥物治療、飲食治療和家庭治療外，還要注意這些病人的認知歪曲，因為這些病人往往存在著對自身外形、臉龐等方麵的認知異常，所以必須矯正他們的錯誤認知。例如，可以通過下述合理認知的對話和自我監察來進行：“消瘦的人是吃得過少”“消瘦的人進食方式與正常體重人的進食方式不一樣”“消瘦的人不像正常體重的人那樣健美、強壯”。要求病人完成一定熱量食物的攝入，並自我監察體重、情緒和自動式思想，逐步改變不良認知。神經性厭食患者治療多不主動，注意處理好醫患關係，取得患者信任是非常重要的。